• Titre : « Construction d'un pipeline bioinformatique pour prédire le décalage génomique des arbres fruitiers cultivés et sauvages en réponse au changement climatique », CNRS & Université de Grenoble & IRD.
• Doctorant : Maxime Criado.
• Unité de rattachement : INRAE, GQE (Génétique Quantitative et evolution).
• Co-encadrement :
  • Olivier François, Université Grenoble Alpes, TIMC (Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité) ;
  • Yann Bourgeois, IRD, Diade, (Diversité, Adaptation et DEveloppement des plantes).
• École doctorale : SEVE, Université Paris-Saclay.
• Durée du projet : 2023 - 2026.

Pour atténuer l'impact du changement climatique sur la production alimentaire, il est essentiel d'exploiter la diversité des cultures et des espèces sauvages qui leur sont apparentées. C'est particulièrement vrai pour les cultures arboricoles plantées dans les vergers il y a des années dans des conditions climatiques différentes. Le candidat au doctorat combinera les données génomiques, climatiques et phénotypiques disponibles avec la génomique des populations, les statistiques et la modélisation, afin de fournir une vue d'ensemble de la compensation génomique des cultures d'arbres fruitiers et de leurs parents sauvages face au changement climatique. Il construira un pipeline d'analyse reproductible en utilisant le pommier comme modèle d'entraînement, puis l'optimisera en utilisant d'autres arbres fruitiers étudiés dans le cadre d'un projet de la Fondation BNP (FRUITRESCUE), notamment les abricots, les pêches, les raisins et les olives. Le projet fournira (i) une liste de variétés déjà disponibles dans les vergers qui peuvent être utilisées pour les futurs programmes de sélection afin de répondre aux exigences de la production alimentaire dans le contexte du changement climatique, (ii) un pipeline bio-informatique pour les analyses de compensation génomique qui sera accessible au public. Le projet implique un consortium interdisciplinaire d'experts interagissant avec des partenaires du projet AgroDiv, qui explorent des questions proches sur le bétail. Le projet favorisera la création de réseaux scientifiques afin de discuter des outils et des concepts permettant d'évaluer le décalage génomique dans les cultures et le bétail, avec leurs points communs et leurs spécificités.