COBREEDING : Co-conception de schémas de sélection animale et végétale pour améliorer la multiperformance (économique, sociale et environnementale) et développer des productions agroécologiques.

 

Thèses

Virgilio Freitas (INRAE, UMR 0320 - GQE – DEAP) : Quantification de la plasticité phénotypique de la production et de l'allocation de la biomasse dans les mélanges céréales-légumineuses à haute résolution spatio-temporelle à l'aide de drones - Application à la sélection.

Post-doctorats

Philippine Coeugnet (INRAE, UMR 1326 - LISIS) : L’innovation pour la transition agroécologique en sélection animale et végétale : analyse et accompagnement des processus et dispositifs de co-conception.

Henri Lagarde (INRAE, UMR 1313 - GABI - G2B) : Concevoir des programmes de selection bovins de rupture accompagnant l’evolution du secteur a un horizon de 20 ans.

Minh-Lien Nguyen (INRAE, UMR 1404 - MaIAGE – Dynenvie) : Optimisation multi-critères et estimation en présence d'aléa. Application à la sélection de variétés pluti-performantes en végétal en présence de variabilité environnementale.

 

CoEDiTAg : Coévolution des équipements, des technologies digitales et des modèles agroécologiques.

 

Thèses

Nouria Compaore (INRAE, UMR 1273 – Territoires) : Les technologies de précision, support de la transition agroécologique et de l'amélioration des conditions de travail des travailleurs dans les élevages ?

Alban Cornier (INRAE, UMR 5211 - CEE-M) : Rôle des facteurs comportementaux dans l'adoption et la diffusion d'innovations numériques chez les agriculteurs.

Guillaume Panas (INRAE, UMR 0951 - Innovation – SIRA) : Plateformes numériques et accès aux équipements agricoles au sein des exploitations familiales au Mexique.

Laura Eline Slot (INRAE, UMR 1110 - MoISA – OSA) : Nouveaux Business Modèles pour une co-évolution des trajectoires numériques, agroécologiques et circulaires.

 

Projet lauréat de l'appel à projet 2023.

Thèse - Elisa Deschamps (INRAE, UMR SELMET) : Développement d’un outil d’aide à la décision pour optimiser le pâturage des végétations spontanées en s’appuyant sur une classification fonctionnelle des ressources pastorales.

 

Projets lauréats de l'appel à projet 2024.

Thèse - Louise Ardoint (INRAE, UPR Écodéveloppement) : Agriculteurs et Médias sociaux : Animer des Communautés en ligne pour construire la Confiance et accompagner le développement de l’Agroécologie.

Thèse - Pablo Yepes Ilano (INRAE, UMR Agronomie) : Assurabilité de la Transition Agro-Ecologique dans un Contexte de Changement Climatique. 

Postdoctorat - Jeanne Oui (INRAE, UMR LISIS) : Traçabilité numérique et travail logistique pour la transition agroécologique des céréale​​​​​​​s.

 

 

AgroDiv : Caractérisation génomique et fonctionnelle de la diversité des plantes et animaux domestiques comme clé de voute de l'agroécologie : du génome au phénotype.

 

Thèses

Siegfried Dubois (INRAE, UMR 1388 - GenPhySe - Cytogene) : Développements méthodologiques pour l’étude de la variabilité génétique des populations animales.

Nina Marthe (IRD, UMR 233 - DIADE - Dynadiv) : annotation des graphes de pangenomes.

Jeong Ko (INRAE, UMR 0875 - MIA-T – SaAB) : Intégration de données multi-omiques appariées à grande échelle.

Arthur Durante (INRAE, UMR 1388 - GenPhySe – GENEPI) : Adaptation de l’élevage de porc au changement climatique - évaluation de l’architecture moléculaire de l’adaptation à la chaleur par séquençage et épigénotypage.

 

HOLOBIONTS : Les holobiontes animaux : une nouvelle échelle biologique pour explorer la diversité génétique et affiner les stratégies de sélection en agroécologie.

 

Thèse

Solène Pety (INRAE, UMR 1313 - GABI – GiBBs) : Méthodes hologénomiques pour prendre en compte le microbiote de l'hôte dans les évaluations génétiques.

 

Projets lauréats de l'appel à projet 2023.

Thèse - Noémien Maillard (INRAE, UMR 1388 GenPhySE) : EAGLE - Intelligence artificielle pour la génétique translationnelle en agronomie.

Thèse - Maxime Criado (INRAE, GQE) : Construction d'un pipeline bioinformatique pour prédire le décalage génomique des arbres fruitiers cultivés et sauvages en réponse au changement climatique.

Projet lauréat de l'appel à projet 2024.

Postdoctorat - Marion Naveau (Université de Rennes, UMR IRMAR) : Modèles de Causalité et intégration de données Omiques pour identifier les déterminants du recrutement du microbiote par la plante

 

 

WAIT4 : Intelligence artificielle et nouvelles technologies pour évaluer des indicateurs pertinents de bien-être pour des animaux confrontés aux défis de la transition agroécologique.

 

Thèses

Sarah Mauny (INRAE, UMR 0791 – MoSAR) : DigitWelfare - Une approche de modélisation hybride pour caractériser les profils d'activité des chèvres laitières associés au bien-être.

Adèle Denis ( INRAE, UMR 1348 PEGASE) : Détection automatisée et analyse des comportements entre porcelets à l'aide l'intelligence artificielle.

Joseph Allyndrée (INRAE, UMR 1300 – Bioepar : Développement de méthodes de caractérisation du comportement et des interactions sociales des bovins : évaluation de la santé et du bien-être dans le cadre de la transition agro-écologique.

 

Lucie Lepetit (Inria, LACODAM) : Approche de Data Mining pour la découverte automatique de comportements d'animaux d'élevage au regard du bien-être animal.

 

Postdoctorats

Lucile Riaboff (INRAE, UMR 1388 - GenPhySe) : Utilisation d’accéléromètres et de méthodes d’intelligence artificielle pour l’évaluation du bien-être des ovins au paturage

 

Lydiane Aubé (INRAE, UMR 1213 - Herbivores) : Relations entre les données de capteurs et le niveau de bien-être des vaches au pâturage

 

Mathile Valenchon (INRAE, UMR 0085 - RPC) : Comportements de chèvres laitières dans un milieu enrichi : signature comportementale associée à un meilleur bien-être grâce aux données issues des capteurs et leur analyse par machine learning.

 

Alessio Ragno (INSA, DM2L) : Caractérisation des activités animales et de leurs interactions sociales à l'aide de réseaux de neurones sur graphes interprétables.

 

Vincent Elouan (INSA, DM2L) : Apprentissage auto-supervisé sur des graphes hétérogènes : contribution à l’analyse des comportements et des dynamiques sociales des animaux.

 

Laurabelle Gautier (CEA-Leti) : Capteurs électrochimiques pour suivre la physiologie de l'animal et améliorer son bien-être

 

 

MISTIC : Microbiomes de plantes cultivées et technologies de l'information et de la communication (TIC).

 

Thèses

Nicolas Maurice (Inria, GenScale) : Algorithmique des séquences pour la reconstruction de génomes à partir de données métagénomiques complexes.

Sthyve Tatho (INRAE, UMR BioGeCo - Pleiade) : Intégration de données multi-omiques pour l'analyse de la dynamique de communautés microbiennes en santé des plantes.

Post-Doctorat

Belliardo Carole (INRAE, UMR 1356 - ISA - GAME) : Assemblage et annotation de génomes à partir de données métagénomiques de sols.

 

Pl@ntAgroEco : Nouvelles perspectives sur la caractérisation des maladies des plantes et les associations de taxons basées sur l’apprentissage profond et les sciences participatives.

 

Post-Doctorat

Jules Vandeputte (Inria) : Identification des maladies des plantes basée sur l'apprentissage profond.

 

MELICERTES : Modélisation des états et dynamiques des écosystèmes – applications aux flux et stocks de carbone des écosystèmes modifiés par les activités agricoles.

 

Thèse

Valentine Sollier (INRAE, UMR 1391 – ISPA) : Résilience des agroécosystèmes forestiers sur le versant Pacifique de l’Équateur : effet du changement climatique et des évènements extrêmes ENSO, approche couplée télédétection et modélisation.

 

Projets lauréats de l'appel à projet 2023.

Thèse - Yuan Gao (INRAE, SophiaAgroBioTech) : Utilisation du suivi d'objets multiples et de la réidentification des sujets pour élucider la dynamique de groupe et les interactions entre les insectes.

Postdoctorat - Yves Fotso Fotso (INRAE, IGEPP) : Modélisation de la dynamique du nématode à kyste de la pomme de terre pour optimiser l’utilisation des plantes pièges.

Projets lauréats de l'appel à projet 2024.

Thèse - Gandeel Loaï (Université de Montpellier & CNRS, UMR LIRMM) : RootSystemTracker : Méthodes automatiques de reconstruction spatio-temporelle de l'architecture racinaire par IA pour la conception de systèmes agroécologiques.

Postdoctorat - Meije Gawinowski (INRAE, UMR ECOSYS) : Méta-modélisation de modèles FSPMs pour l'étude des interactions plante-plante dans les associations colza-féverole : de la plante à la parcelle.